Es sabido que Leonardo utilizó personas reales como modelos para los personajes del mural. Incluso se retrató a sí mismo el segundo empezando por la derecha como se puede ver en la imagen. 
En cuanto a las teorías de Dan Brown en El Código da Vinci, en torno a la mano que sostiene una daga, el crítico de arte Bruce Boucher en The New York Times nos dice: «... pero no es una mano sin cuerpo. El dibujo preliminar y las copias posteriores de La Última Cena demuestran que la mano y el cuchillo pertenecen a Pedro: una referencia al pasaje del Evangelio de San Juan en el que Pedro saca la espada en defensa de Jesús».